ในซีซั่นที่ 3 ของ The 100, เรื่องราวดำเนินต่อจากความพยายามของกลุ่มวัยรุ่น 100 คนที่ถูกส่งมายังโลกจากสถานีอวกาศ The Ark เพื่อทดสอบว่าสภาพแวดล้อมบนโลกสามารถรองรับการกลับมาอยู่อาศัยของมนุษยชาติได้ หลังจากที่โลกถูกปกคลุมไปด้วยกัมมันตภาพรังสีมานานเกือบ 100 ปี
เมื่อพวกเขาลงมาถึงพื้นโลก กลับพบว่ามนุษย์ไม่ได้เป็นสิ่งมีชีวิตเดียวที่ยังคงอาศัยอยู่ มีผู้รอดชีวิตที่ปรับตัวเข้ากับโลกในรูปแบบใหม่ และยังมี “กราวด์เดอร์” หรือชนพื้นเมืองที่สร้างอารยธรรมของตนเองขึ้นมา การเผชิญหน้าระหว่างกลุ่ม 100 คนกับชนพื้นเมืองนำไปสู่ความขัดแย้งและสงครามที่รุนแรง
ในซีซั่นนี้ ความขัดแย้งระหว่างกลุ่มผู้รอดชีวิตและอารยธรรมที่แตกต่างกันจะทวีความซับซ้อนมากขึ้น พร้อมกับการเปิดเผยความลับเกี่ยวกับ AI ที่ชื่อว่า อัลลี (A.L.I.E) ซึ่งเป็นกุญแจสำคัญในการปกครองโลกก่อนการล่มสลาย AI ตัวนี้ไม่เพียงแค่เป็นภัยคุกคามต่อกลุ่มผู้รอดชีวิต แต่ยังทำให้พวกเขาต้องตั้งคำถามถึงการเลือกที่เหมาะสมที่สุดสำหรับอนาคตของมนุษยชาติ
The 100 ซีซั่น 3 เต็มไปด้วยการต่อสู้เพื่อความอยู่รอด ความท้าทายระหว่างความหวังและความสิ้นหวัง และการตัดสินใจที่อาจเปลี่ยนแปลงชะตากรรมของทุกคน